Q:割れ豆、欠け豆などを取り除くとコーヒーから雑味が消えたのですがコーヒーを入れる前にハンドピックは行った方が良いですか？
A:ハンドピック（コーヒー豆から異質な豆、不純物を取り除く作業。）で雑味が消えたのだから、そのコーヒー豆は、「ハンドピックを行った方が良い。」
ただし、カタヤマコーヒーが考える本当においしいという基準では答えが変わります。現物を見ていないので取り除いたものがどのようなものなのか実際にはわかりませんが、家庭でハンドピックが必要だという時点でそのコーヒー豆は何をやってもおいしくないと思います。
割れ豆などの欠点豆の発生原因は様々ですが、取り除く機会は農園の生産工程かコーヒー店のどちらかです。
商品に混入しているということは、結果としてコーヒー店でのハンドピックが不十分だったと考えられます。1個、2個入っていたというのであれば、単純にコーヒー店で取りきれなかったと考えられますが、パラパラ入っているようでは産地で既に問題が発生していてコーヒー店が放置したと推測できます。
ゴミ（欠点豆）が入っている生豆は基本的においしさが少なく、さらに、割れ豆などがローストで部分的に焦げるので焦げ臭くなります。